Imamah Muhammad Al-Baqir a.s, bermula sejak terbunuhnya Ali Zainal Abidin a.s. melalui racun. Beliau merupakan Imam pertama yang nasabnya bertemu antara Imam Hassan dan Imam Hussein.Berarti beliau orang pertama yang bernasab kepada Fatimah Az-Zahra’, sekaligus dari pihak ayah dan ibu.Selama 34 Tahun beliau berada dalam perlindungan dan didikan ayahnya, Ali Zainal Abidin a.s. Selama hidupnya beliau tinggal di kota Madinah dan menggunakan sebahagian besar waktunya untuk beribadah mendekatkan diri kepada Allah SWT serta membimbing masyarakat ke jalan yang lurus.